排污許可制度是落實企事業(yè)單位總量控制要求的重要手段，通過排污許可制改革，改變從上往下分解總量指標的行政區(qū)域總量控制制度，建立由下向上的企事業(yè)單位總量控制制度，將總量控制的責任回歸到企事業(yè)單位，從而落實企業(yè)對其排放行為負責、政府對其轄區(qū)環(huán)境質量負責的法律責任。

排污許可證載明的許可排放量即為企業(yè)污染物排放的天花板，是企業(yè)污染物排放的總量指標，通過在許可證中載明，使企業(yè)知曉自身責任，政府明確核查重點，公眾掌握監(jiān)督依據。一個區(qū)域內所有排污單位許可排放量之和就是該區(qū)域固定源總量控制指標，總量削減計劃即是對許可排放量的削減；排污單位年實際排放量與上一年度的差值，即為年度實際排放變化量。

改革現有的總量核算與考核辦法，總量考核服從質量考核。把總量控制污染物逐步擴大到影響環(huán)境質量的重點污染物，總量控制的范圍逐步統(tǒng)一到固定污染源，對環(huán)境質量不達標地區(qū)，通過提高排放標準等，依法確定企業(yè)更加嚴格的許可排放量，從而服務改善環(huán)境質量的目標。