排污許可證核發(fā)權限確定的基本原則是“屬地監(jiān)管”以及“誰核發(fā)、誰監(jiān)管”。根據《方案》，核發(fā)權限在縣級以上地方環(huán)保部門。具體來看，隨著省以下環(huán)保機構監(jiān)測監(jiān)察執(zhí)法垂直管理制度改革試點工作的開展，地市級環(huán)保部門將承擔更多的核發(fā)工作。對于地方性法規(guī)有具體要求的，按其規(guī)定執(zhí)行。如寧夏回族自治區(qū)已通過《寧夏回族自治區(qū)污染物排放管理條例》，該條例明確“對于總裝機容量超過30萬千瓦以上的燃煤電廠及石油化工”等重點排污單位，其排污許可證的核發(fā)權限為自治區(qū)環(huán)境保護主管部門。環(huán)保部將盡快制定相關文件，進一步明確排污許可證的核發(fā)權限。

此外，《方案》中還明確上級環(huán)保部門可依法撤銷下級環(huán)保部門核發(fā)的排污許可證?！缎姓S可法》中可以撤銷不當行政許可的各種情形，也同樣適用于排污許可證的核發(fā)。